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為了傳福音，馬偕的首要任務，是學會當地的語言－一台語。
他決定往巷子、田野間走，希望可以遇上願意跟他聊天的居民。有一天，馬偕走到一個小丘上（就是今天的淡水高爾夫球場），那裡有十幾個牧童在放牛，當他們看到一個大鬍子老外走近，便大叫：「洋鬼子，洋鬼子！」，然後一溜煙便跑掉了。

第二天，馬偕又來了，牧童們仍然帶著懷疑的眼光遠遠的看著他。到了第三天，「洋鬼子」開口了，說的竟然是──台語！雖然他的發音並不標準，但牧童卻聽得懂。「洋鬼子」會說他們的話，使他們大樂。從此牧童與馬偕變成了好朋友，他的台語也因此進步神速，後來更有一位牧童成為偕門下的宣教士。

當時的台灣人並不了解基督教，也十分排斥外國人，因此馬偕的傳教工作遇到很大的阻礙。且馬偕觀察到台灣醫療技術落後，很多人長期受疾病之苦。因此他決定藉由行醫，走入民間。雖然未曾受過正統醫療訓練，但他曾在多倫多學過拔牙術及醫術，便在自己的寓所免費為人診療，又經常在鄉野小鎮替人拔牙和治瘧疾。

馬偕的治療很有效，求診者越來越多，街上經常有民眾大排長龍，等候拔牙。馬偕自己統計過，他在台灣總共拔了兩萬一千顆牙齒！後來他在現在的淡水馬偕街蓋了一間新診所，叫做「滬尾偕醫館」（滬尾即今淡水），那是台灣北部第一間西醫醫院。