1878年夏天，馬偕和一位台灣女子結婚。 馬偕的妻子叫張聰明，她是馬偕第一位女信徒的孫女。張聰明來自五股坑，她熟悉本地的風俗習慣，對馬偕的宣教事業有很大的幫助。五股坑這個地方代表著馬偕對台灣的愛和認同，也代表了他宣教的成果，因為那不僅是他妻子的故鄉，也是他建立第一所教堂的地方。

1883年，馬偕宣教工作的重心轉移到宜蘭蘭陽平原的噶瑪蘭人身上。當時如果要從北部到宜蘭，必須越過地形險惡的三貂嶺，十分危險。噶瑪蘭人的田地經常被漢人併吞，馬偕十分同情他們的處境：「他們的命運如同許多在東方與西方的土著民族一樣，對他們而言，與平地人的接觸正如同與死神接觸一般。」而對噶瑪蘭人來說，馬偕的拔牙術對嗜食檳榔的他們有很大幫助，教會也協助他們向漢人納租。噶瑪蘭人與馬偕親厚，直至今天，如果你到宜蘭冬山河下游處的流流社走一趟，很有可能會遇上一些姓「偕」的噶瑪蘭人呢！

　 爬過了三貂嶺，馬偕繼續探訪花蓮平原的阿美族，又深入獵頭族的深山部落，馬偕做了很多原住民的觀察記錄，這不僅是他自己東部旅行的豐富收獲，也為台灣收集了許多寶貴的人文、地理資產。